Die Sekundarstufe I wird in Bolligen nach dem Schulmodell 3a «Manuel» organisiert. Die Schülerinnen und Schüler besuchen eine Stammklasse im Niveau der Speziellen
Sekundarschule, der Sekundarschule oder der Realschule. Den Schülerinnen und Schülern aus den Vertragsgemeinden Stettlen und Vechigen steht der Besuch der Klassen der Speziellen Sekundarschule offen, die in zwei Jahren in erster Linie der Vorbereitung aufs Gymnasium dienen. Der Übertritt ins Gymnasium ist aber selbstverständlich auf für Schülerinnen und Schüler der Sekundarschule möglich, sei es nach dem 8. oder nach dem 9. Schuljahr an der Eisengasse.
Schülerinnen und Schüler der Sekundar- und Realklassen können im Modell 3a jeweils ein Niveaufach (Deutsch, Französisch, Mathematik) in einem höheren oder tieferen Niveau besuchen, sofern sie sich dafür qualifizieren. Im Niveau der Stammklasse werden grundsätzlich mindestens zwei der drei Niveaufächer besucht. Alle anderen Fächer werden im Rahmen der Stammklasse besucht. Die Zuteilung zu den Niveaus erfolgt für die 7. Klasse in der Primarschule. Spätere Niveau- und Klassenwechsel sind unter Berücksichtigung der Promotionsordnung sowohl Ende Schuljahr oder als individuelle Laufbahnentscheide auch während eines Schuljahrs möglich.
